Algoritmické biotechnologické centrum Štátnej univerzity v Petrohrade vytvorilo modul, ktorý umožňuje dešifrovať genómy koronavírusov, informuje tlačovú službu univerzity.
„Nový vývoj Centra pre algoritmickú biotechnológiu na Štátnej univerzite v Petrohrade s názvom coronaSPAdes umožňuje zber genómov vírusu RNA, predovšetkým koronavírusov. Podľa predbežných údajov bolo už možné obnoviť sekvenciu genómov predtým neznámych koronavírusov,“ uvádza sa v správe.
Modul coronaSPAdes je špeciálny režim kolektora SPAdes (Saint Petersburg Assembler), ktorý umožňuje dekódovanie genómov živých organizmov vrátane vírusov.
Ako poznamenala Štátna univerzita v Petrohrade, modul coronaSPAdes zohľadňuje zvláštnosti údajov o sekvenovaní RNA a implementuje jedinečné algoritmické riešenia zamerané na zlepšenie obnovenia sekvencie genómu koronavírusu. Prístupy stanovené v coronaSPAdes sa môžu v budúcnosti použiť na vývoj nových zberateľov pomocou informácií o štruktúre iných typov genómov.
Vývoj prvej verzie tohto modulu trval asi dva týždne a teraz sa jeho tvorcovia zaoberajú vylepšovaním kolektora. Podľa nich modul coronaSPAdes umožňuje obnovenie genómov koronavírusov „omnoho efektívnejšie a lepšie ako alternatívne prístupy“.
„Napríklad z niektorých súborov údajov sa podľa predbežných údajov z predtým neznámych koronavírusov zozbierali genómy plnej veľkosti,“ informovala univerzita.
Americkí vedci predtým identifikovali šesť hlavných skupín SARS-CoV-2, ktoré v súčasnosti cirkulujú vo svete. Vedci vyvinuli algoritmus na rýchlu izoláciu sekvencií genómov a použili ho na štúdium viac ako 10 000 vzoriek SARS-CoV-2 z rôznych oblastí sveta.
Zdroj RIA
Comments: